enzym có bản chất là protein nên có tất cả thuộc tính lý hóa của protein. Đa số enzym có dạng hình cầu và không đi qua màng bán thấm do có kích thước lớn.
tan trong nước và các dung môi hữu cơ phân cực khác, không tan trong ete và các dung môi không phân cực.
không bền dưới tác dụng của nhiệt độ, nhiệt độ cao thì enzym bị biến tính. Môi trường axít hay bazơ cũng làm enzym mất khả năng hoạt động.
enzym có tính lưỡng tính: tùy pH của môi trường mà tồn tại ở các dạng: cation, anion hay trung hòa điện.
enzym chia làm hai nhóm: enzym một cấu tử (chỉ chứa protein) như pepsin, amylase... và các enzym hai cấu tử (trong phân tử còn có nhóm không phải protein)
Trong phân tử enzym hai cấu tử có hai phần
apoenzym: phần protein (nâng cao lực xúc tác của enzym, quyết định tính đặc hiệu)
cofactor: phần không phải protein (trực tiếp tham gia vào phản ứng enzym), nếu Cofactor là chất hữu cơ thì gọi là Coenzim; ngược lại nếu là chất vô cơ thì gọi là Cofactor.
